다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2008. 12. 26. 개정)
표1
보유기간
공제율
3년 이상 4년 미만
100분의 10
4년 이상 5년 미만
100분의 12
5년 이상 6년 미만
100분의 15
6년 이상 7년 미만
100분의 18
7년 이상 8년 미만
100분의 21
8년 이상 9년 미만
100분의 24
9년 이상 10년 미만
100분의 27
10년 이상
100분의 30
표2
보유기간
공제율
3년 이상 4년 미만
100분의 24
4년 이상 5년 미만
100분의 32
5년 이상 6년 미만
100분의 40
6년 이상 7년 미만
100분의 48
7년 이상 8년 미만
100분의 56
8년 이상 9년 미만
100분의 64
9년 이상 10년 미만
100분의 72
10년 이상
100분의 80
③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 개정)